Está donde está porque aprendió de su madre una cosa: a amar la cocina; aunque si por ella hubiese sido, este donostiarra de 60 años no sería hoy el cocinero que revolucionó la cocina vasca. Su deseo era que estudiase, y no precisamente hostelería. Al fallecer el padre de Juan Mari, cuando él tenía 9 años, su madre le mandó a estudiar al colegio Alfonso XII de San Lorenzo de El Escorial, al tiempo que ella se mataba a trabajar al frente del caserón. Terminó el bachiller y encarriló su vida por los estudios de aparejador, pero, después de un año, decidió acceder a la Escuela Superior de Gastronomía de Madrid. Su corazón le decía que tenía que continuar con la saga Arzak al frente del restaurante que fundó su abuelo en 1897.
Antes de meterse de lleno en la cocina del restaurante [Arzak], el joven vasco se tomó su tiempo para recorrer el mundo y conocer los sabores de otros países y los fogones de las cocinas del Sandersens parisino, del suizo Girarder y de otros más, hasta que llegó a conocer al gran Paul Bocuse, quien más le enseñó, junto con su madre, a entender esta profesión. Pero le mostró una cara distinta de esta profesión: la cocina arte.
Al llegar a San Sebastián, trajo consigo un objetivo, dar una nueva visión al diseño de la comida vasca, pero manteniendo sus raíces. No sólo lo ha conseguido, sino que además se ha ganado el estómago de todos aquellos que lo han probado, porque la cocina que él hace es moderna y evolutiva, pero teniendo siempre presente el gusto del pueblo. Tanto ha gustado que hoy su restaurante está galardonado con las tres prestigiosas estrellas de la Guía Michelín, mejor restaurante de España por la Revista Club de Gourmets, Premio Nacional de Gastronomía... Aunque el mayor premio para él es saber que puede seguir dando de comer a sus amigos, que parte de estos galardones pertenecen también a su mujer y que la saga Arzak ya tiene sucesor, su hija Elena, que ya oficia de "chef" en el local centenario.